Хотелось бы увидеть как программа пришла к результату после сложных преобразований.
В какой-то версии были всплывающие подсказки с какими-то вычислениями, но сейчас у меня ничего не отображается.

Да и всплывающие подсказки - это хорошо, но мало. Например я захочу скопировать эти пошаговые вычисления в буфер для разбора или отображения в документах.

Всё это хорошо укладывается в концепцию отладчика (debugger). Его разработка для SMath Studio является очень желанной и важной работой и могу сказать, что первые шаги в этом направлении уже делались. Работа над ним обязательно будет завершена.